連云港海關是受南京海關直接領導，按授權負責指定口岸和區域范圍內海關各類管理工作的正處級隸屬海關，領導隸屬海關辦事處。連云港海關管轄范圍為連云港市的各項海關管理工作。主要職責是：負責黨的基層組織建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業務，反饋執法作業結果；完成南京海關交辦的其他工作。
駐贛榆辦事處下設5個科級機構：綜合業務科、監管科、貨物查驗一科、貨物查驗二科、運輸工具監管科。
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